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Nel 1802, all'atto della sua fondazione, l'Accademia era soprattutto Scuola, unica sede di dibattito scientifico per i docenti della Facoltè Medica ed i medici dell'Ospedale Maggiore. Creata come proseguimento ed ampliamento delle attività che svolgeva nel Teatro Anatomico del quattrocentesco Studium Generale Civitatis Perusii, le veniva attribuita una nuova sede nell'Ospedale di Santa Maria della Misericordia in Via della Pesceria.
L'attività dell'Accademia consisteva soprattutto nello studio dell'Anatomia sul cadavere e nella discussione di casi clinici in sede anatomo-patologica. Intorno alla sala settoria erano organizzati alcuni ambienti per la conservazione dei pezzi anatomici di rilievo, per i preparati anatomici di cera (la Venere gestante tuttora conservata nel Museo dell'Istituto Anatomico) realizzati per volere del Prof. Cesare Massari, e per la tenuta di tutta la strumentazione necessaria.
L'attività dell'Accademia continua invariata su questa linea per buona parte del XIX secolo. Intorno al 1863, la necessità di creare laboratori per la diagnosi e la ricerca, ma anche aule per la didattica, rende inevitabile una diversa utilizzazione degli spazi del vecchio Ospedale. Nell'anno accademico 1863-64 compare per la prima volta nell'Annuario della Facoltà di Medicina un Istituto di Iniziamento alla Clinica, che riunisce in un solo corpo la Clinica Medica e la Clinica Chirurgica presso l'Ospedale Maggiore. Ciò comporta una riduzione degli spazi a disposizione dell'Accademia: l'anfiteatro della sala settoria viene utilizzato quale aula per l'attività didattica ex cathedra dei docenti di materie cliniche. Ormai, l'Accademia non ha più una sede propria e le sue sedute vengono ospitate nelle aule dedicate all'attività didattica della Facoltà Medica.
Nel 1894 le sede dell'Accademia viene trasferita a San Francesco al Prato, nel nuovo Istituto di Anatomia Umana Normale. Da quel momento, si riduce l'attività dell'Accademia. Essa riprende nel 1923, con il trasferimento dell'Ospedale a Monteluce, sede attuale dell'Ospedale Policlinico. Con la creazione delle nuove cliniche, con la regificazione delle Università (che garantisce ruoli e finanziamenti adeguati alle nuove necessità), le attività didattiche e scientifiche riprendono vigore e, in tale nuovo ambiente, rifiorisce l'attività dell'Accademia, anche grazie al sostegno dei docenti succedutisi alla sua Presidenza, i Proff. Carlo Righetti, Raffaello Silvestrini, Osvaldo Polimanti.
Dal quel momento, l'Accademia non è più impegnata nello studio dell'Anatomia Umana sul cadavere: a ciò provvedono l'Istituto di Anatomia Umana Normale e l'Istituto di Anatomia Patologica. L'Accademia diviene la sede privilegiata di incontri e di dibattiti scientifici, seppure senza una sede propria, pienamente inserita, tuttavia, nel contesto della Facoltà di Medicina e Chirurgia (come si evince dal quarto statuto del 1934).
Nel 1974, Rettore il Prof. Giuseppe Ermini, si realizza la costruzione dell'edificio di Via Enrico Dal Pozzo, destinato alla Presidenza della Facoltà di Medicina e Chirurgia, alla Biblioteca Centrale della Facoltà di Medicina e Chirurgia, ed all'Accademia Anatomico-Chirurgica. Qui ha tuttora sede l'Accademia.
L'attività dell'Accademia viene riassunta negli Atti dell'Accademia Anatomico-Chirurgica, sin dall'anno accademico 1888-89.

 
PALAZZO DELL'ACCADEMIA - VIA ENRICO DAL POZZO
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Prof. Rosario Francesco Donato, Presidente; 
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Prof. Carlo Riccardi, Segretario; 
Dr. Fulvio Bussani, Tesoriere.